Molecular characterization of a novel partitivirus with four segments isolated from Fusarium solani, the causal agent of citrus root rot
Notice bibliographique
Résumé
We report here the identification of a dsRNA virus, obtained from Fusarium solani strain Newher-7, tentatively named F. solani partitivirus 3 (FsPV3). It consists of four dsRNA segments (dsRNA1–4) with lengths of 1961, 1900, 1830 and 1830 bp, respectively. Sequence analysis showed that dsRNA1 encodes an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), dsRNA2 encodes a capsid protein (CP), dsRNA3 encodes a hypothetical protein of unknown function and dsRNA4 encodes two hypothetical proteins of unknown function. Amino acid sequence comparisons showed that the RdRp of FsPV3 is most similar to that of Hulunbuir Parti tick virus 1. In contrast, the CP of FsPV3, as well as the hypothetical protein encoded by ORF3 of dsRNA3, was most similar to cognate proteins encoded by Colletotrichum -associated partitivirus 2. However, the two hypothetical proteins encoded by dsRNA4 showed no significant similarity to the available sequences in the National Center for Biotechnology Information database and encoded no apparent conserved domains. Phylogenetic analysis of the RdRp and CP showed that FsPV3 clustered together with other species in the genus Alphapartitivirus . Given that proteins encoded by FsPV3 are not sufficiently highly homologous to a single known virus and that it encodes two novel proteins, we suggest that FsPV3 should be regarded as a new member of the genus Alphapartitivirus in the family Partitiviridae . This is the first report of FsPV3 infecting F. solani .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».