Nomenclature for human and animal fungal pathogens and diseases: a proposal for standardized terminology
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Medically important pathogenic fungi invade vertebrate tissue and are considered primary when part of their nature life cycle is associated with an animal host and are usually able to infect immunocompetent hosts. Opportunistic fungal pathogens complete their life cycle in environmental habitats or occur as commensals within or on the vertebrate body, but under certain conditions can thrive upon infecting humans. The extent of host damage in opportunistic infections largely depends on the portal and modality of entry as well as on the host’s immune and metabolic status. Diseases caused by primary pathogens and common opportunists, causing the top approximately 80% of fungal diseases [D. W. Denning, Lancet Infect Dis, 24:e428–e438, 2024, https://doi.org/10.1016/S1473-3099(23)00692-8 ], tend to follow a predictive pattern, while those by occasional opportunists are more variable. For this reason, it is recommended that diseases caused by primary pathogens and the common opportunists are named after the etiologic agent, for example, histoplasmosis and aspergillosis, while this should not be done for occasional opportunists that should be named as [causative fungus] [clinical syndrome], for example, Alternaria alternata cutaneous infection. The addition of a descriptor that identifies the location or clinical type of infection is required, as the general name alone may cover widely different clinical syndromes, for example, “rhinocerebral mucormycosis.” A list of major recommended human and animal disease entities (nomenclature) is provided in alignment with their causative agents. Fungal disease names may encompass several genera of etiologic agents, consequently being less susceptible to taxonomic changes of the causative species, for example, mucormycosis covers numerous mucormycetous molds.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,017 | 0,027 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,018 | 0,018 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,009 |
| Communication savante | 0,009 | 0,011 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,011 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,011 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».