Oro-faecal transmission of SARS-CoV-2: A systematic review of studies employing viral culture from gastrointestinal and other potential oro-faecal sources and evidence for transmission to humans
Notice bibliographique
Résumé
The extent to which the oro-faecal route contributes to the transmission of SARS-CoV-2 is not established.We systematically reviewed the evidence on the presence of infectious SARS-CoV-2 in faeces and other gastrointestinal sources by examining studies that used viral culture to investigate the presence of replication-competent virus in these samples. We conducted searches in the WHO COVID-19 Database, LitCovid, medRxiv, and Google Scholar for SARS-CoV-2 using keywords and associated synonyms, with a search date up to 28 November 2023.We included 13 studies involving 229 COVID-19 subjects - providing 308 faecal or rectal swab SARS-CoV2 reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR)-positive samples tested with viral culture. The methods used for viral culture across the studies were heterogeneous. Three studies (two cohorts and one case series) reported observing replication-competent SARS-CoV-2 confirmed by quantitative RT-PCR (qPCR) and whole-genome sequencing, and qPCR including appropriate cycle threshold changes. Overall, six (1.9%) of 308 faecal samples subjected to cell culture showed replication-competent virus. One study found replication-competent samples from one immunocompromised patient. No studies were identified demonstrating direct evidence of oro-faecal transmission to humans.Our review found a relatively low frequency of replication-competent SARS-CoV-2 in faecal and other gastrointestinal sources. Although it is biologically plausible, more research is needed using standardized cell culture methods, control groups, adequate follow-up, and robust epidemiologic methods, including whether secondary infections occurred, to determine the role of the oro-faecal route in the transmission of SARS-CoV-2.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,034 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,007 | 0,006 |
| Bibliométrie | 0,016 | 0,017 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».