Integrated eQTL mapping approach reveals genomic regions regulating candidate genes of the E8-r3 locus in soybean
Notice bibliographique
Résumé
Deciphering the gene regulatory networks of critical quantitative trait loci associated with early maturity provides information for breeders to unlock soybean’s (Glycine max (L.) Merr.) northern potential and expand its cultivation range. The E8-r3 locus is a genomic region regulating the number of days to maturity under constant short-day photoperiodic conditions in two early-maturing soybean populations (QS15524F2:F3 and QS15544RIL) belonging to maturity groups MG00 and MG000. In this study, we developed a combinatorial expression quantitative trait loci mapping approach using three algorithms (ICIM, IM, and GCIM) to identify the regions that regulate three candidate genes of the E8-r3 locus (Glyma.04G167900/GmLHCA4a, Glyma.04G166300/GmPRR1a, and Glyma.04G159300/GmMDE04). Using this approach, a total of 2,218 trans (2,061 genes)/7 cis (7 genes) and 4,073 trans (2,842 genes)/3,083 cis (2,418 genes) interactions were mapped in the QS15524F2:F3 and QS15544RIL populations, respectively. From these interactions, we successfully identified two hotspots (F2_GM15:49,385,092-49,442,237 and F2_GM18:1,434,182-1,935,386) and three minor regions (RIL_GM04:17,227,512-20,251,662, RIL_GM04:31,408,946-31,525,671 and RIL_GM13:37,289,785-38,620,690) regulating the candidate genes of E8-r3 and several of their homologs. Based on co-expression network and single nucleotide variant analyses, we identified ALTERED PHLOEM DEVELOPMENT (Glyma.15G263700) and DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 21 (Glyma.18G025600) as the best candidates for the F2_GM15:49,385,092-49,442,237 and F2_GM18:1,434,182-1,935,386 hotspots. These findings demonstrate that a few key regions are involved in the regulation of the E8-r3 candidates GmLHCA4a, GmPRR1a, and GmMDE04.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».