Genetic landscape of primary mitochondrial diseases in children and adults using molecular genetics and genomic investigations of mitochondrial and nuclear genome
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Primary mitochondrial diseases (PMD) are one of the most common metabolic genetic disorders. They are due to pathogenic variants in the mitochondrial genome (mtDNA) or nuclear genome (nDNA) that impair mitochondrial function and/or structure. We hypothesize that there is overlap between PMD and other genetic diseases that are mimicking PMD. For this reason, we performed a retrospective cohort study. METHODS: All individuals with suspected PMD that underwent molecular genetic and genomic investigations were included. Individuals were grouped for comparison: (1) individuals with mtDNA-PMD; (2) individuals with nDNA-PMD; (3) individuals with other genetic diseases mimicking PMD (non-PMD); (4) individuals without a confirmed genetic diagnosis. RESULTS: 297 individuals fulfilled inclusion criteria. The diagnostic yield of molecular genetics and genomic investigations was 31.3%, including 37% for clinical exome sequencing and 15.8% for mitochondrial genome sequencing. We identified 71 individuals with PMD (mtDNA n = 41, nDNA n = 30) and 22 individuals with non-PMD. Adults had higher percentage of mtDNA-PMD compared to children (p-value = 0.00123). There is a statistically significant phenotypic difference between children and adults with PMD. CONCLUSION: We report a large cohort of individuals with PMD and the diagnostic yield of urine mitochondrial genome sequencing (16.1%). We think liver phenotype might be progressive and should be studied further in PMD. We showed a relationship between non-PMD genes and their indirect effects on mitochondrial machinery. Differentiation of PMD from non-PMD can be achieved using specific phenotypes as there was a statistically significant difference for muscular, cardiac, and ophthalmologic phenotypes, seizures, hearing loss, peripheral neuropathy in PMD group compared to non-PMD group.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».