Low-frequency variants in genes involved in glutamic acid metabolism and γ-glutamyl cycle and risk of coronary artery disease in type 2 diabetes
Notice bibliographique
Résumé
A common genetic variant at the glutamate-ammonia ligase (GLUL) locus has been previously associated with an increased risk of coronary artery disease (CAD) as well as alterations of glutamic acid metabolism and the γ-glutamyl cycle in individuals with type 2 diabetes (T2D). Here we investigated whether less frequent variants in GLUL and 15 additional genes in these pathways are associated with differences in CAD risk in T2D. Coding sequences and regulatory elements of these genes were sequenced in 2,394 individuals with T2D from three CAD case/control sets. Ninety-six variants with minor allele frequency [MAF]< 0.05 were identified as being nominally associated with CAD status. One of these variants (rs62447457, MAF 0.025), placed in a non-coding region flanking the γ-glutamylcyclotransferase (GGCT) gene, showed nominal evidence of replication in two other cases-control sets (n = 1,132), with summary OR of 0.54 (p = 2.5 × 10–4). Another variant (rs145322388, MAF = 0.039), flanking the dipeptidase 2 (DPEP2) gene, showed association with CAD status across discovery and replications sets (summary OR 0.61, p = 2.5 × 10–4). A third variant (rs1238275622, MAF 0.004), flanking the GLUL gene, was associated with increased risk of CAD (summary OR 1.84, p-value 2.1 × 10–3). Based on their Regulome scores (2b, 2a, and 3a, respectively), all three variants are very likely to have regulatory functions. In summary, we have identified low-frequency variants associated with CAD in T2D at two loci involved in glutamic acid metabolism and the γ-glutamyl cycle. These findings provide further evidence for a role of these pathways in the link between T2D and CAD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».