Abstract PR002: Hypoxia-induced epigenetic changes coordinate transcription start site selection and translational control through remodeling of 5’UTRs
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Adaptation to hypoxia enhances cancer cell malignancy and negatively impacts patient outcomes. Reprogramming of mRNA translation is an essential component of the hypoxia-adaptive response. During hypoxia, cells undergo a global decrease in protein synthesis. However, translation of subsets of transcripts encoding stress-response, survival and stemness factors is increased. This selective regulation is thought to be governed largely via the interactions between specific mRNA features and remodeling of the translational apparatus. However, our understanding of the mechanisms that govern translational perturbations under hypoxia remains incomplete. Here, we interrogated the effects of hypoxia on global changes in histone methylation and transcription start site (TSS) selection, coupled with monitoring corresponding alterations in total mRNA levels and translation efficiencies on a genome-wide scale in T47D breast cancer cells and H9 human embryonic stem cells. This revealed widespread epigenetic alterations leading to TSS switching and extensive remodeling of 5’UTRs, and allowed us to map the impact of specific 5’UTR features on translation efficiency under hypoxia. Pyruvate Dehydrogenase Kinase 1 (PDK1), a key enzyme in orchestrating metabolic adaption to hypoxia, undergoes TSS switching leading to increased availability of efficiently translated 5’UTR isoforms, and we show that this effect is coordinated at an epigenetic level. Therefore, our findings uncover a mechanism driving translational reprogramming under hypoxia, whereby alterations in translational apparatus are orchestrated with epigenetic perturbations that result in 5’UTR remodeling of the transcriptome. Citation Format: Kathleen Watt, Bianca Dauber, Krzysztof J Szkop, Laura Lee, Predrag Jovanovic, Shan Chen, Laia Masvidal, Kristofersson Tandoc, Ranveer Palia, Ivan Topisirovic, Ola Larsson, Lynne-Marie Postovit. Hypoxia-induced epigenetic changes coordinate transcription start site selection and translational control through remodeling of 5’UTRs [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: RNAs as Drivers, Targets, and Therapeutics in Cancer; 2024 Nov 14-17; Bellevue, Washington. Philadelphia (PA): AACR; Mol Cancer Ther 2024;23(11_Suppl):Abstract nr PR002.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,012 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».