The antibacterial activity of a prophage-encoded fitness factor is neutralized by two cognate immunity proteins
Notice bibliographique
Résumé
The human gastrointestinal tract is a competitive environment inhabited by dense polymicrobial communities. Bacteroides, a genus of Gram-negative anaerobes, are prominent members of this ecological niche. Bacteroides spp. uses a repertoire of mechanisms to compete for resources within this environment such as the delivery of proteinaceous toxins into neighbouring competitor bacteria and the ability to consume unique metabolites available in the gut. In recent work, Bacteroides stercoris gut colonization was linked to the activity of a prophage-encoded ADP-ribosyltransferase, which was found to stimulate the release of the metabolite inosine from host epithelial cells. This fitness factor, termed Bxa, shares a similar genomic arrangement to bacterial toxins encoded within interbacterial antagonism loci. Here, we report that Bxa also possesses antibacterial ADP-ribosyltransferase activity, raising the question of how Bxa-producing bacteria resist intoxication prior to Bxa's release from cells. To this end, we identify two cognate immunity proteins, Bsi and BAH, that neutralize Bxa's antibacterial activity using distinct mechanisms. BAH acts as an enzymatic immunity protein that reverses Bxa ADP-ribosylation whereas Bsi physically interacts with Bxa and blocks its ADP-ribosylation activity. We also find that the N-terminal domain of Bxa is dispensable for toxicity and homologous domains in other bacteria are fused to a diverse array of predicted toxins found throughout the Bacteroidaceae, suggesting that Bxa belongs to a broader prophage encoded polymorphic toxin system. Overall, this work shows that Bxa is a promiscuous ADP-ribosyltransferase and that B. stercoris possesses mechanisms to protect itself from the toxic activity of this prophage encoded fitness factor.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».