Genetics of C-Peptide and Age at Diagnosis in Type 1 Diabetes
Notice bibliographique
Résumé
Identified genetic loci for C-peptide and age at diagnosis (AAD) in individuals with type 1 diabetes (T1D) explain only a small proportion of their variation. Here, we aimed to perform large meta–genome-wide association studies (GWAS) of C-peptide and AAD in T1D and to identify the HLA allele/haplotypes associated with C-peptide and AAD. A total of 7,252 and 7,923 European individuals with T1D were included in C-peptide and AAD GWAS, respectively. HLA-DQB1*06:02, which is strongly protective against T1D, was associated with higher C-peptide. HLA-DQB1*03:02, HLA-DRB1*03:01, and HLA-A*24:02, which increase T1D risk, were independently associated with younger AAD. HLA-DR3-DR4 haplotype combination, the strongest T1D susceptibility factor, was associated with younger AAD. Outside the HLA region, rs115673528 on chromosome 5 (Chr5) (GABRG2) was associated with C-peptide, and an indel, rs111970692, on Chr15 within CTSH, a known T1D locus, was associated with AAD. Genetically predicted CTSH expression, methylation, and protein levels were associated with AAD. Mendelian randomization analysis suggested that higher levels of pro-cathepsin H reduced AAD. In conclusion, some HLA allele/haplotypes associated with T1D also contribute to variability of C-peptide and AAD. Outside HLA, T1D loci were generally not associated with C-peptide or AAD. CTSH could be a potential therapeutic target to delay development/progression of T1D. Article Highlights Identified genetic loci for C-peptide and type 1 diabetes (T1D) age at diagnosis (AAD) explain only a small proportion of their variation. We aimed to identify additional genetic loci associated with C-peptide and AAD. Some HLA allele/haplotypes associated with T1D also contributed to variability of C-peptide and AAD, whereas outside the HLA region, T1D loci were mostly not associated with C-peptide or AAD. Genetic variation within CTSH can affect AAD. There is still residual heritability of C-peptide and AAD outside of HLA that could benefit from larger meta–genome-wide association studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».