Unveiling the <scp>GT114</scp> family: Structural characterization of <scp>A075L</scp>, a glycosyltransferase from <i>Paramecium bursaria</i> chlorella virus‐1 (<scp>PBCV</scp>‐1)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Protein A075L is a β‐xylosyltransferase that participates in producing the core of the N‐glycans found in VP54, the major viral capsid protein of Paramecium bursaria chlorella virus‐1 (PBCV‐1). In this study, we present an X‐ray crystallographic analysis of the apo form of A075L, along with its complexes with the sugar donor and with a trisaccharide acceptor. The protein structure shows a typical GT‐B folding, with two Rossmann‐like fold domains, in which the acceptor substrate binds to the N‐terminal region, and the nucleotide‐sugar donor binds to the C‐terminal region. We propose that the catalytic mechanism follows a direct displacement S N 2‐like reaction, where Asp73 serves as a catalytic base that deprotonates the incoming nucleophile of the acceptor, facilitating direct displacement of the UDP with the inversion of the anomeric configuration of the acceptor without metal ion dependence, while the interactions with side chains of Arg158 and Arg208 stabilize the developing negative charge. Using isothermal titration calorimetry, nuclear magnetic resonance spectroscopy, high‐performance liquid chromatography, and molecular dynamics simulations, the catalytic activity and specificity of this enzyme have been unraveled.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».