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Enregistrement W4404484975 · doi:10.1101/2024.11.11.24316818

Transforming diagnostic capacity by syndromic infection testing for remote isolated communities

2024· preprint· en· W4404484975 sur OpenAlexaff
Matthew Dryden, Janice Toplass, Nicholas Cortes, Fabio Russo Del Piano, Tiffanie Skerritt, Chester Crowie, Geoffrey Benjamin, Arlene A S. Siebs, Jonathan Smellie, Bill Hardy, Everette S. Duncan, Natalie Wright

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBacterial Identification and Susceptibility Testing
Établissements canadiensIsland Health
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDiagnostic testMedicinePediatrics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Objective Many of the UK overseas territories are small with limited microbiological diagnostic capacity for pathogens and antimicrobial resistance detection. The Covid-19 pandemic highlighted the particular vulnerability of these territories for the emergence of novel infections and antimicrobial resistance. Methods The UKHSA program with its territory partners implemented rapid automated syndromic molecular diagnostics (RASM), aiming to improve diagnostic capacity. Local laboratory staff were trained in the use of the diagnostics, and guidance was provided to clinicians for requesting tests. Syndromic diagnoses included enteric, respiratory, bloodstream, neurological infection, and antibiotic resistance mechanisms. Data on diagnostic capacity, turnaround times and clinical impact were collected from records before and after implementation of RASM. Results Turnaround time for results went from an average 14 days to 1 day, and often much shorter. Previously undiagnosed conditions, could now be identified to the microbiological level rapidly in territory, allowing appropriate specific clinical management, infection prevention, improved antimicrobial stewardship and rapid public health response. This technology is simple to operate and maintain with little scope for user error. The speed of microbiological diagnosis for patient management and public health detection and response was greatly enhanced. Conclusion Rapid microbiological diagnosis on site transformed patient management, the timely investigation and management of outbreaks and clusters, accurate surveillance and antimicrobial stewardship. Targeted RASM is cost effective, reducing the requirement for highly trained scientific staff and expensive logistics around rapid transport to reference laboratories. This innovation improves clinical care and strengthens local preparedness in communicable disease and public health response.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,172
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,043
Tête enseignante GPT0,280
Écart entre enseignants0,236 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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