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Enregistrement W4404494036 · doi:10.1002/anie.202410698

Nonenzymatic Hydration of Phosphoenolpyruvate: General Conditions for Hydration in Protometabolism by Searching Across Pathways

2024· article· en· W4404494036 sur OpenAlexaff
Joris Zimmermann, Atalay Bora Basar, Joseph Moran

Notice bibliographique

RevueAngewandte Chemie International Edition · 2024
Typearticle
Langueen
DomainePhysics and Astronomy
ThématiqueOrigins and Evolution of Life
Établissements canadiensUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesH2020 European Research CouncilChina Scholarship CouncilAgence Nationale de la RechercheVolkswagen FoundationEuropean Commission
Mots-clésChemistryPhosphoenolpyruvate carboxykinaseBiochemistryEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Numerous reactions within metabolic pathways have been reported to occur nonenzymatically, supporting the hypothesis that life arose upon a primitive nonenzymatic precursor to metabolism. However, most of those studies reproduce individual transformations or segments of pathways without providing a common set of conditions for classes of reactions that span multiple pathways. In this study, we search across pathways for common nonenzymatic conditions for a recurring chemical transformation in metabolism: alkene hydration. The mild conditions that we identify (Fe oxides such as green rust) apply to all hydration reactions of the rTCA cycle and gluconeogenesis, including the hydration of phosphoenolpyruvate (PEP) to 2-phosphoglycerate (2PGA), which had not previously been reported under nonenzymatic conditions. Mechanistic insights were obtained by studying analogous substrates and through anoxic and radical trapping experiments. Searching for nonenzymatic conditions across pathways provides a complementary strategy to triangulate conditions conducive to the nonenzymatic emergence of a protometabolism.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,104
Score d'incertitude au seuil0,531

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,315
Écart entre enseignants0,300 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations9
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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