Genomic tools for post-elimination measles molecular epidemiology using Canadian surveillance data from 2018–2020
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Measles is caused by the highly infectious measles virus, MeV, for which there is an effective vaccine. Monitoring of progress of measles elimination requires enhanced surveillance and tracking of MeV strains, including documenting the absence of an endemically circulating strain. Due to a reduction in the number of circulating genotypes, additional sequence information, beyond the standardized 450 nucleotide window of the nucleoprotein (N450), is required to corroborate the information from epidemiological investigations and, ideally, fill in gaps in the surveillance data. Methods: This study applies MeV sequencing tools, namely the N450, the non-coding region between the matrix and fusion genes (MF-NCR), and the complete coding sequence of the genome (WGS-t), to clinical specimens obtained from cases occurring over a three-year time period in Canada. This data was systematically analyzed, including with Bayesian evolutionary analysis by sampling trees (BEAST) of the WGS-t. Results and discussion: Of the 143 reported cases, N450, MF-NCR, and WGS-t sequences were obtained from 101, 81, and 75 cases, respectively. The BEAST analysis confirmed that the two most frequently detected lineages (B3 named strain MVi/Marikina City.PHL/10.18 and D8 named strain MVs/Gir Somnath.IND/42.16) were the result of repeated importations. Of the 16 outbreaks occurring during the study period, the analysis conclusively corroborated the epidemiological information for 13. BEAST analysis of the WGS-t convincingly demonstrated the expansion of two outbreaks by the inclusion of additional contemporary cases for which the epidemiological investigation had been unable to identify links. Furthermore, the analysis revealed the existence of three additional unrecognized outbreaks among the cases categorized as unknown source. One outbreak was without WGS-t and could not be resolved. Conclusion: Measles WGS-t data corroborated and expanded upon the outbreak analysis from traditional epidemiological investigations of measles outbreaks. However, both are needed for fulsome investigations in elimination settings.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,009 | 0,010 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».