Adaptation During the Shift from Entomopathogen to Endosymbiont Is Accompanied by Gene Loss and Intensified Selection
Notice bibliographique
Résumé
Fungi have been found to be associated with many insect species, with some species transitioning to reside within insects as symbionts. However, the evolutionary pressures and genomic consequences associated with this transition are not well understood. Pathogenic fungi of the genus Ophiocordyceps have undergone multiple, independent transitions from pathogen to endosymbiont lifestyles, where they reside within the fatty tissues of infected soft-scale insects transgenerationally without killing their hosts. To gain an understanding of the genomic adaptations underlying this life history shift, long-read sequencing was utilized to assemble the genomes of both the soft-scale insect Parthenolecanium corni and its Ophiocordyceps endosymbiont from a single insect. Assembly and metagenomic-based binning produced a highly contiguous genome for Pa. corni and a chromosome-level assembly for the Ophiocordyceps endosymbiont. The endosymbiont genome was characterized by 524 gene loss events compared to free-living pathogenic Ophiocordyceps relatives, with predicted roles in hyphal growth, cell wall integrity, metabolism, gene regulation, and toxin production. Contrasting patterns of selection were observed between the nuclear and mitochondrial genomes specific to the endosymbiont lineage. Intensified selection was most frequently observed across orthologs in the nuclear genome, whereas selection on most mitochondrial genes was found to be relaxed. Scans for positive selection were enriched within the fatty acid metabolism pathway with endosymbiont specific selection within three adjacent enzymes catalyzing the conversion of acetoacetate to acetyl-coenzyme A, suggesting that the endosymbiont lineage is under selective pressure to effectively exploit the lipid rich environment of the insect fat bodies in which it is found.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».