Pangenomic insights into Dehalobacter evolution and acquisition of functional genes for bioremediation
Notice bibliographique
Résumé
Dehalobacter is a genus of organohalide-respiring bacteria that is recognized for its fastidious growth using reductive dehalogenases (RDases). In the SC05 culture, however, a Dehalobacter population also mineralizes dichloromethane (DCM) produced by chloroform dechlorination using the mec cassette, just downstream of its active RDase. A closed genome of this DCM-mineralizing lineage has previously evaded assembly. Here, we present the genomes of two novel Dehalobacter strains, each of which was assembled from the metagenome of a distinct subculture from SC05. A pangenomic analysis of the Dehalobacter genus, including RDase synteny and phylogenomics, reveals at least five species of Dehalobacter based on average nucleotide identity, RDase and core gene synteny, as well as differential functional genes. An integration hotspot is also pinpointed in the Dehalobacter genome, in which many recombinase islands have accumulated. This nested recombinase island encodes the active RDase and mec cassette in both SC05 Dehalobacter genomes, indicating the transfer of key functional genes between species of Dehalobacter. Horizontal gene transfer between these two novel Dehalobacter strains has implications for the evolutionary history within the SC05 subcultures and of the Dehalobacter genus as a whole, especially regarding adaptation to anthropogenic chemicals.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».