Adenylate-driven equilibration of both ribo- and deoxyribonucleotides is under magnesium control: Quantification of the Mg2+-signal
Notice bibliographique
Résumé
Nucleoside mono-, di- and triphosphates (NMP, NDP, and NTP) and their deoxy-counterparts (dNMP, dNDP, dNTP) are involved in energy metabolism and are the building blocks of RNA and DNA, respectively. The production of NTP and dNTP is carried out by several NMP kinases (NMPK) and NDP kinases (NDPK). All NMPKs are fully reversible and use defined Mg-free and Mg-complexed nucleotides in both directions of their reactions, with Mg 2+ controlling the ratios of Mg-free and Mg-complexed reactants. Their activities are driven by adenylates produced by adenylate kinase which controls the direction of NMPK and NDPK reactions, depending on the energy status of a cell. This enzymatic machinery is localized in the cytosol, mitochondria, and plastids, i.e. compartments with high energy budgets and where (except for cytosol) RNA and DNA synthesis occur. Apparent equilibrium constants of NMPKs, based on total nucleotide contents, are [Mg 2+ ]-dependent. This allows for an indirect estimation of internal [Mg 2+ ], which constitutes a signal of the energetic status of a given tissue/cell/compartment. Adenylates contribute the most to this Mg 2+ -signal, followed by uridylates, guanylates, and cytidylates, with deoxynucleotides’ contribution deemed negligible. A method to quantify the Mg 2+ -signal, using nucleotide datasets, is discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».