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Enregistrement W4404578817 · doi:10.1101/2024.11.20.624590

Antibiotic-free whole-cell biocatalytic fermentation: <i>Escherichia coli</i> with surface-displayed PETases for sustainable plastic degradation

2024· preprint· en· W4404578817 sur OpenAlexaff
Katherine L. Romero-Orejón, Hamid Reza Karbalaei‐Heidari, Nediljko Budiša, David B. Levin

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueClick Chemistry and Applications
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDegradation (telecommunications)Escherichia coliAntibioticsFermentationChemistryMicrobiologyFood scienceBiochemistryComputer scienceBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Plastic pollution has increasingly burdened the environment, driving the need for natural degradation platforms that utilize microbial enzymes to break plastics down into monomers. In this study, we introduce a novel approach using Escherichia coli as a fermentative, antibiotic-free whole-cell biocatalyst with surface-displayed, genomically integrated PETases for efficient plastic degradation. PETases, a class of esterases, catalyze the hydrolysis of polyethylene terephthalate (PET) into mono-2-hydroxyethyl terephthalate (MHET). Surface display of these enzymes was achieved via gene fusions with an N-terminal cysteine (Cys) triacylated anchor, mediated by the Braun lipoprotein (Lpp) signal peptide. To circumvent issues associated with plasmids, - such as genetic instability and reliance on antibiotics - we used a Type I-F CRISPR-associated transposase to insert the genes directly into specific E. coli genome sites. Proper enzyme display and activity on the E. coli surface were confirmed through enzyme activity tests, Western blotting, and flow cytometry, with cells retaining PET degradation ability over multiple generations. High-performance liquid chromatography (HPLC) analysis assessed degradation efficiency, identifying byproducts such as bis (2-hydroxyethyl) terephthalate and terephthalic acid. This study establishes a proof-of-concept for efficient plastic degradation using engineered bacteria as robust, sustainable, and genomically stable whole-cell biocatalysts, providing a promising platform for addressing plastic waste management. Graphical Abstract One-sentence Abstract Escherichia coli was engineered as a fermentative, antibiotic-free whole-cell biocatalyst, featuring surface-displayed and genomically integrated PETases for efficient plastic degradation. This innovative approach has the potential to transform plastic recycling by enabling sustainable, large-scale degradation of plastic waste through environmentally friendly microbial systems.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,999

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,208 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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