Histone H3 N-terminal recognition by the PHD finger of PHRF1 is required for proper DNA damage response
Notice bibliographique
Résumé
Plant homeodomain (PHD) fingers are critical effectors of histone post-translational modifications (PTMs), acting as regulators of gene expression and genome integrity, and frequently presenting in human disease. While most PHD fingers recognize unmodified and methylated states of histone H3 lysine 4 (H3K4), the specific functions of many of the over 100 PHD finger-containing proteins in humans remain poorly understood, despite their significant implications in disease processes. In this study, we undertook a comprehensive analysis of one such poorly characterized PHD finger-containing protein, PHRF1. Using biochemical, molecular, and cellular approaches, we show that PHRF1 robustly binds to histone H3, specifically at its N-terminal region. Through RNA-seq and proteomic analyses, we also find that PHRF1 is intricately involved in transcriptional and RNA splicing regulation and plays a significant role in DNA damage response (DDR). Crucially, mutagenesis of proline 221 to leucine (P221L) in the PHD finger of PHRF1 abolishes histone interaction and fails to rescue defective DDR. These findings underscore the importance of PHRF1-H3 interaction in maintaining genome integrity and provide insight into how PHD fingers contribute to chromatin biology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».