Avian influenza virus circulation and immunity in a wild urban duck population prior to and during a highly pathogenic H5N1 outbreak
Notice bibliographique
Résumé
Highly pathogenic avian influenza (HPAI) H5N1 clade 2.3.4.4b viruses were first detected in St. John's, Canada in late 2021. To investigate the patterns of avian influenza virus (AIV) infection and immune responses subsequent to the arrival of H5N1, we sampled the wild urban duck population in this area for a period of 16 months after the start of the outbreak and compared these findings to those from archived samples. Antibody seroprevalence was relatively stable before the outbreak (2011-2014) at 27.6% and 3.9% for anti-AIV (i.e., NP) and H5-specific antibodies, respectively. During the winter of 2022, AIV-NP and H5-specific antibody seroprevalence both reached 100%, signifying a population-wide infection event, which was observed again in late February 2023 following a second H5N1 incursion from Eurasia. As expected, population-level immunity waned over time, with ducks seropositive for anti-AIV-NP antibodies for approximately twice as long as for H5-specific antibodies, with the population seronegative to the latter after approximately six months. We observed a clear relationship of increasing antibody levels with decreasing viral RNA loads that allowed for interpretation of the course of infection and immune response in infected individuals and applied these findings to two cases of resampled ducks to infer infection history. Our study highlights the value of applying both AIV surveillance and seroprevalence monitoring to provide a better understanding of AIV dynamics in wild populations, which may be crucial following the global dissemination of clade 2.3.4.4b H5Nx subtypes to assess the threats they pose to both wild and domestic animals, and to humans.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».