<i>Phyllobacterium meliloti</i> sp. nov. a novel non-symbiotic bacterium isolated from root nodules of <i>Melilotus albus</i> (white sweet clover) grown in Canada
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Two novel bacterial strains isolated from root-nodules of white sweet clover ( Melilotus albus ) plants grown at a Canadian site were previously characterized and placed in the genus Phyllobacterium . Here we present phylogenomic and phenotypic data to support the description of strain T1293 T as representative of a novel species and present the first complete closed genome sequence of a bacterial strain (T1018) representing the species ‘ P. pellucidum’ . Phylogenetic analysis of genome sequences as well as analysis of 53 core genes placed novel strain T1293 T in a highly supported cluster of strains distinct from named Phyllobacterium species with P. myrsinacearum and P. calauticae as closest relatives. The highest average nucleotide identity (ANI) and digital DNA-DNA hybridization (dDDH) values of genome sequences of T1293 T compared to closest species type strains (84.1% and 26.5%, respectively) are well below the threshold values for bacterial species circumscription. The genome of strain T1293 T has a size of 5074034 bp with a DNA G+C content of 55 mol% and possesses three plasmids with sizes of 397619 bp, 476847 bp and 519835 bp. Detected in the genome were Type III and Type VI secretion system genes, implicated in plant-microbe and microbe-microbe interactions, but key nodulation, nitrogen-fixation and photosystem genes were not detected. Further analysis revealed that T1293 T , like other Phyllobacterium species, possesses key genes encoding an enzyme complex implicated in the degradation of glyphosate, a widely used broad-spectrum herbicide that has negative consequences for many microorganisms including the human gut microbiome. A novel prophage (size ∼ 41.5 kb) was also detected in the genome of T1293 T . Data for multiple phenotypic tests complemented the sequence-based characterization of strain T1293 T . The data presented support the description of a new species and the name Phyllobacterium meliloti sp. nov. is proposed with T1293 T = LMG32641 T = HAMBI 3765 T as the species type strain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».