Long-read DNA sequencing reveals the organization of the mitochondrial genome in the early-branching dinoflagellate Oxyrrhis marina.
Notice bibliographique
Résumé
The mitochondrial genomes of dinoflagellate protists are remarkable for their highly fragmented and heterogeneous organization. Early attempts to determine their structure without ‘next-generation’ DNA sequencing failed to recover a defined genome. Still, it coincided in showing that the proteins coding genes, three in total, and parts of the ribosomal RNA genes were spread across a diffuse assortment of small linear fragments. In contrast, a recent study employed Illumina sequencing to assemble a 326 kbp long single-molecule, circular mitochondrial genome in the symbiotic dinoflagellate Breviolum minutum . Here, we used a combination of short- and long-read massively-parallel DNA sequencing to analyze further the mitochondrial DNA of the early-branching dinoflagellate Oxyrrhis marina . We found that the mitochondrial genome of O. marina consists of 3 linear chromosomes sized 15.9, 33.8 and 40.6 kbp for a total of 90.3 kbp. It contains the cox 1, cox 3 and cob genes, the same three proteins encoded in the mitochondrion of all myzozoans (Apicomplexa and Dinophyceae), some fragments of ribosomal RNA genes as well as many non-functional gene fragments and extensive noncoding DNA. Our analysis unveiled segments syntenic patterns and rearrangements encompassing coding and non-coding regions, suggesting that recombination is a pervasive process driving the evolution of these genomes. • The organization of mitogenomes in dinoflagellates has been elusive due to extensive fragmentation, redundancy and recombination. • Long-read DNA sequencing enabled the assembly of a 90 kbp mitogenome in Oxyrrhis marina , an early-diverging dinoflagellate. • The genome consists of three linear molecules encoding three proteins, rRNA fragments, no tRNA genes, non-functional gene fragments, and noncoding DNA. • Excess of noncoding DNA appears to originate from the mutational degradation of gene duplicates.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
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