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Enregistrement W4404663396 · doi:10.1101/2024.11.23.625008

Yanomami skin microbiome complexity challenges prevailing concepts of healthy skin.

2024· preprint· en· W4404663396 sur OpenAlexaff
Juliana Durack, Yvette M. Piceno, Hoang Q. Vuong, Brian Fanelli, David A. Good, Nur A. Hasan, Manoj Dadlani, Larry Weiss, Julia Oh, Aleksandar D. Kostic, Thomas L. Dawson, Hortensia Caballero‐Arias, Rita R. Colwell

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueDermatology and Skin Diseases
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMicrobiomeSkin AgingMedicineBiologyDermatologyBioinformatics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The adult skin microbiome contributes to skin homeostasis and generally comprises relatively low microbial complexity, especially sebaceous sites, where lipophilic Cutibacterium and Malassezia spp. predominate. Current understanding of the healthy skin microbiome derives predominantly from studies of western, industrialized populations, with limited representation of diverse cultures and lifestyles. In this study, the skin microbiome of a remote indigenous Yanomami community was investigated, revealing a complex microbial community comprised of 115 novel bacterial genomes. The bacterial community composition included genera common to western skin microbiota and additional diverse taxa, which formed multiplex interactions with a dominant eukaryote, Malassezia globosa. Metatranscriptome-derived functional attributes of the microbial communities contributed to skin homeostasis, fortifying barrier integrity via lipid metabolism and acid production and protecting against oxidative stress. The Yanomami skin microbiome comprised a suite of microbial taxa co-detected within their various surroundings. Longitudinal monitoring of Western expeditioner microbiome revealed acquisition of the Yanomami skin microbiome following immersion into the Amazon and subsequent loss upon return to an industrialized setting. These findings challenge the prevailing Western-centric view of what comprises a healthy adult skin microbiome, suggesting a diverse community that includes bacteria of environmental origin confers benefits not recognized in the current model of healthy skin. Importantly, we highlight the malleability of adult skin microbiome composition, which includes changes sustained by lifestyle modification.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,034
Tête enseignante GPT0,289
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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