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Enregistrement W4404667592 · doi:10.1136/bmjopen-2024-087023

Development of the Ontario Hereditary Cancer Research Network, a unified registry as a resource for individuals with inherited cancer syndromes: an observational registry creation protocol

2024· article· en· W4404667592 sur OpenAlexafffundabout
Kirsten M. Farncombe, Lauren Hughes, Elif Tuzlali, Mohammad R. Akbari, Irene L. Andrulis, Melyssa Aronson, Kathleen Bell, Michelle D. Brazas, Melissa Cable-Cibula, Brandon Chan, Mélanie Courtot, Harriet Feilotter, Katie Lark, Jordan Lerner‐Ellis, Ellen MacDougall, David Malkin, Steven A. Narod, Karen Panabaker, Laszlo Radvanyi, Alison Rusnak, Lincoln Stein, Raymond H. Kim

Notice bibliographique

RevueBMJ Open · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBRCA gene mutations in cancer
Établissements canadiensUniversity of OttawaLondon Health Sciences CentreHospital for Sick ChildrenOntario Institute for Cancer ResearchPublic Health OntarioChildren's Hospital of Eastern OntarioGenome CanadaSinai Health SystemPrincess Margaret Cancer CentreLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteMount Sinai HospitalUniversity of TorontoToronto General HospitalUniversity Health NetworkQueen's UniversityWomen's College Hospital
Organismes subventionnairesFDC FoundationPrincess Margaret Cancer Foundation
Mots-clésMedicineCancer registryFamily medicineCancerObservational studyData sharingResearch ethicsCancer preventionHealth services researchAlternative medicinePublic healthPathologyPsychiatry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

INTRODUCTION: In Canada, care for individuals with hereditary cancer is fragmented across the provinces and territories, with carriers of pathogenic variants in cancer-susceptibility genes seeing multiple doctors and often advocating for their own management plans. The need for a national registry of carriers has been well established. While other cancer consortia exist, barriers in clinical and genomic data sharing limit the utility of the information gathered. METHODS AND ANALYSIS: Within the province of Ontario, the Ontario Hereditary Cancer Research Network (OHCRN), funded by and located at the Ontario Institute for Cancer Research, is being developed to fill this gap. The registry will hold clinical, genomic and self-reported data from consented carriers and will make this data available to qualified researchers in anonymised and aggregated form. Individuals must agree to certain components to participate in OHCRN; there are also optional consents participants can agree to without impacting their involvement in OHCRN. We plan to open the registry for participant enrolment in mid-2025. ETHICS AND DISSEMINATION: Ethics approval for registry creation was obtained from the Ontario Cancer Research Ethics Board, a centralised body that streamlines reviews for cancer research studies in Ontario. Registry data will be disseminated to participants and researchers as aggregate data through the OHCRN website and presented at scientific conferences, made available to Ontario Health (Cancer Care Ontario) to inform policy and evidence-based practice, as well as be available to the scientific community for further analysis and answering relevant questions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,124
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,117
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Protocole · Signal consensuel: Protocole
Score de désaccord entre enseignants0,772
Score d'incertitude au seuil0,654

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,1240,117
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,004
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,003
Bibliométrie0,0090,010
Études des sciences et des technologies0,0060,003
Communication savante0,0050,004
Science ouverte0,0060,005
Intégrité de la recherche0,0020,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0370,010

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,234
Tête enseignante GPT0,480
Écart entre enseignants0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreProtocole

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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