Chromosome-scale genome assembly and linkage map for <i>Silene uniflora</i> reveal the recombination landscape in a rapidly evolving plant species
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The genus Silene is an important model system for fields as diverse as sex chromosome evolution, speciation and disease ecology. However, genomic resources remain scarce in the genus. Here, we present a chromosome-scale genome assembly for S. uniflora , a hermaphroditic/gynodioecious species which is an important model for rapid adaptation to anthropogenic disturbance and the role of phenotypic plasticity in adaptive evolution. Using a combination of long-read and Hi-C sequencing technologies, we generated a 1,268 Mb genome assembly with a scaffold N50 of 40.72 Mb and 682 Mb assembled into 12 chromosomes. We annotated the genome using evidence from transcriptome and protein mapping in combination with ab initio gene prediction, resulting in 41,603 protein-coding genes and a BUSCO completeness score of 91%. We also present a linkage map which we used to validate the genome assembly and estimate local recombination rate across the genome. Comparison to the only two other Silene species with chromosome-scale genome assemblies reveals widespread genome rearrangements in the genus, suggesting Silene may be a promising study system for the role of genome rearrangement in evolution, particularly in the evolution of sex chromosomes and adaptation. Significance statement Plant species in the genus Silene (campions) are important study organisms in multiple areas of ecology and evolution. Sea campion ( Silene uniflora ) is an important model for investigations into rapid adaptation, phenotypic plasticity and parallel evolution. However, only two species have high-quality genome assemblies available, hampering studies of their genetics and evolution. We present a high-quality genome assembly, genetic map and gene annotation for sea campion. These will be important genomic resources for future studies of sea campion, other species in the genus Silene and the family Caryophyllaceae more generally.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».