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Enregistrement W4404688948 · doi:10.1109/oceans55160.2024.10753699

Towards an Automated, In-Situ Environmental DNA Sensor for Detection of Marine Species

2024· article· en· W4404688948 sur OpenAlexaff
Colin Sonnichsen, Eddy Luy, Andre Hendricks, Iain Grundke, B. Clifford Hendricks, Kareem El-Beshbeeshy, Gabriel Roberts, M. Wright, Julie LaRoche, Robert G. Beiko, Jim Hanlon, R. R. Race, Arnold Furlong, Jennifer Tolman, Shannon Myles, Mahtab Tavasoli, Vincent J. Sieben

Notice bibliographique

Revuenon disponible
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueEnvironmental DNA in Biodiversity Studies
Établissements canadiensDalhousie University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésIn situEnvironmental DNADNAComputer scienceEnvironmental scienceComputational biologyRemote sensingChemistryBiologyEcologyGeologyBiodiversityGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The collection and analysis of environmental DNA is slow, difficult and costly. To facilitate and broaden the use of eDNA technologies, an autonomous eDNA sensor has been designed for in-situ qPCR analysis. The eDNA sensor will provide results in near real-time, reporting the positive or negative detection of a target DNA sequence. The sensor is designed to operate fully autonomously, with on-board reagents, rechargeable batteries, and positive and negative controls. To verify sensor results and to enable a broader swath of lab-based analyses, archival samples are acquired in parallel with analyzed samples. Subsystems of sampling, extraction, and analysis have all been independently tested with promising results. The eDNA sensor presented here will enable same-day decision making regarding commercial activity, conservation efforts, and field research.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,221
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
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