Paraburkholderia tropica Primes a Multilayered Transcriptional Defense Response to the Nematode Meloidogyne spp. in Tomato
Notice bibliographique
Résumé
Meloidogyne causes a devastating disease known as root-knot that affects tomatoes and other cash crops worldwide. Conversely, Paraburkholderia tropica has proven beneficial in mitigating the effects of various pathogens in plants. We aimed to unravel the molecular events that underlie the beneficial effects of the bacterium and the detrimental impacts of the nematode when inoculated separately or together in tomato plants. The transcriptional responses induced by P. tropica (TB group (tomato-bacteria group)), Meloidogyne spp. (TN group (tomato-nematode group)) or by the two agents (TBN group (tomato-bacteria-nematode group)) in tomato were assessed by RNA-seq. We implemented a transcript discovery pipeline which allowed the identification of 2283 putative novel transcripts. Differential expression analysis revealed that upregulated transcripts were much more numerous than downregulated ones. At the gene ontology level, the most activated term was ‘hydrolase activity acting on ester bonds’ in all groups. In addition, when both microbes were inoculated together, ‘hydrolase activity acting on O-glycosyl compounds’ was activated. This finding suggests defense responses related to lipid and carbohydrate metabolism, membrane remodeling and signal transduction. Notably, defense genes, transcription factors and protein kinases stood out. Differentially expressed transcripts suggest the activation of a multifaceted plant defense response against the nematode occurred, which was exacerbated by pre-inoculation of P. tropica.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».