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Enregistrement W4404727663 · doi:10.1016/j.omtn.2024.102401

Precise template-free correction restores gene function in Tay-Sachs disease while reframing is ineffective

2024· article· en· W4404727663 sur OpenAlexafffund
Reid A. Brewer, Lujaina Elbakr, Antonio Mollica, Georgiana Forguson, Wing Suen Chan, Evgueni A. Ivakine

Notice bibliographique

RevueMolecular Therapy — Nucleic Acids · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesSickkids Research InstituteCanadian Institutes of Health ResearchHospital for Sick Children
Mots-clésFrameshift mutationCognitive reframingGeneGeneticsFunction (biology)MutationBiologyPsychology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

expression by frameshift. In an engineered cell model, we explore the use of CRISPR-Cas9 for therapeutic editing of c.1278insTATC. Within genomic microduplications, the microhomology-mediated end joining (MMEJ) pathway is favored to repair double-stranded breaks with collateral deletion of one repeat. Protospacer adjacent motif (PAM) constraints on Cas9 endonuclease activity prevented cleavage at the duplication center, the optimal position for MMEJ initiation. Rather, cleavage 1 bp from the c.1278insTATC duplication center spontaneously reconstructed the wild-type sequence at ∼14.7% frequency, with concomitant restoration of normal cellular HexA activity. As an alternative to perfect correction, short insertions or deletions were serially introduced to restore an open reading frame across a 19-bp sequence encompassing c.1278insTATC. Frame-restored variants did not recover significant HexA function, presumably due to structural incompatibility of incurred amino acid insertions. Hence, precise correction of c.1278insTATC is the only therapeutically relevant outcome achieved in this study, with MMEJ highlighted as a potential template-free CRISPR-Cas9 modality to that end.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,076
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,257 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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