The presence of a marker associated with Pacific oyster resistance to OsHV-1 does not affect susceptibility to <i>Vibrio aestuarianus</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The Pacific oyster, Crassostrea ( Magallana ) gigas , is an important species in aquaculture globally, but its production is threatened by pathogens including ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) and Vibrio aestuarianus . A genetic marker associated with resistance to OsHV-1 infection has been identified on chromosome 8 (Chr8) of the Pacific oyster genome. Marker-assisted selective breeding has used the Chr8 marker to produce oyster families with increased survivorship and resistance to OsHV-1 infection. The potential effect of the Chr8 marker on susceptibility to other pathogens remains largely unknown, but was recently associated with increased resistance of spat to Vibrio coralliilyticus . Here we assess the effect of the presence and allelic dosage of the Chr8 marker on the susceptibility of selectively bred juvenile Pacific oysters to V. aestuarianus infection. Sixteen families were produced with various Chr8 marker genotypes, and a V. aestuarianus disease challenge was conducted. Challenged oysters were individually genotyped at the Chr8 marker, and Vibrio susceptibility was evaluated among genotypes within and between families. Prior to the challenge trial, the Chr8 marker did not occur at the expected Mendelian ratios in families with heterozygous parents; in multiple families the homozygous alternate genotype occurred at a lower frequency than was expected. Mortality rates in the Vibrio challenge differed between families, ranging from 47.9% to 85.4%, but no association was observed between the Chr8 marker and survival to V. aestuarianus exposure. Therefore, we observed no pleiotropic effect (positive or negative) of the Chr8 marker on survivorship to V. aestuarianus at the evaluated life stage. Reduced-representation sequencing was used to genotype the challenged oysters and a genome-wide association study for V. aestuarianus survivorship was performed, but no significant associations were found, suggesting polygenic architecture for the trait.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».