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Enregistrement W4404799594 · doi:10.1016/j.jbc.2024.108039

Crystallographic, kinetic, and calorimetric investigation of PKA interactions with L-type calcium channels and Rad GTPase

2024· article· en· W4404799594 sur OpenAlexafffund
Randy Yoo, Omid Haji‐Ghassemi, Jiaming Xu, Ciaran McFarlane, Filip Van Petegem

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueIon channel regulation and function
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchUniversity of British ColumbiaBritish Columbia Knowledge Development FundMichael Smith Health Research BC
Mots-clésGTPaseChemistryCalciumKinetic energyCrystallographyBiophysicsBiochemistryBiologyPhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

β-Adrenergic signaling activates cAMP-dependent PKA, which regulates the activity of L-type voltage-gated calcium channels such as Ca V 1.2. Several PKA target sites in the C-terminal tail of Ca V 1.2 have been identified, and their phosphorylation has been suggested to increase currents in specific tissues or heterologous expression systems. However, augmentation of Ca V 1.2 currents in the heart is instead mediated by phosphorylation of Rad, a small GTPase that can inhibit Ca V 1.2. It is unclear how each of the proposed target sites in Ca V 1.2 and Rad rank toward their recognition by PKA, which could reveal a preferential phosphorylation. Here, we used quantitative assays on three Ca V 1.2 and four Rad sites. Isothermal titration calorimetry and enzyme kinetics show that there are two Tiers of targets, with Ca V 1.2 residue Ser1981 and Rad residues Ser25 and Ser272 forming tier one substrates for PKA. These share a common feature with two Arginine residues at specific positions that can anchor the peptide into the substrate binding cleft of PKA. In contrast, PKA shows minimal activity for the other, tier two substrates, characterized by low k cat values and undetectable binding via isothermal titration calorimetry. The existence of two tiers suggests that PKA regulation of the Ca V 1.2 complex may occur in a graded fashion. We report crystal structures of the PKA catalytic subunit with and without a Ca V 1.2 and test the importance of several anchoring residues via mutagenesis. Different target sites utilize different anchors, highlighting the plasticity of PKAc to recognize substrates.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,235 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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