eLife Assessment: Still waters run deep: Large scale genome rearrangements in the evolution of morphologically conservative Polyplacophora
Notice bibliographique
Résumé
The phylum Mollusca is bifurcated into the hyperdiverse Conchifera (Gastropoda, Bivalvia, Cephalopoda, et al.) and the spiny Aculifera (Polyplacophora and Aplacophora). High quality genomic data for the deeply divergent, morphologically constrained chitons, would be expected to offer an opportunity to explore ancient genetic traits and evolutionary mechanisms preserved across the long span of animal evolution. We present a comparative analysis of five reference quality genomes, including four de novo assemblies, covering all major chiton clades: Lepidopleurida (Deshayesiella sirenkoi), Callochitonida (Callochiton septemvalvis) and Chitonida (Acanthochitona discrepans and A. rubrolineata), and an updated phylogeny for the phylum. Comparison with conchiferan genomes recovers 20 ancient molluscan linkage groups (MLGs) that are relatively conserved in bivalve karyotypes, but subject to re-ordering, rearrangement, fusion, and early occurring duplication (or fission) in chitons and conchiferan genomes. Two congeners each have 8 haploid chromosomes, results of two independent fusion events from the karyotype of their most recent common ancestor. The largest number of novel fusions is in the supposedly most plesiomorphic clade Lepidopleurida, and the chitonid Liolophura japonica has a partial genome duplication, extending the known occurrence of large-scale gene duplication within Mollusca. The extreme and dynamic genome rearrangements in this class stands in contrast to most other animals and is not explained by accumulated change since the deep divergence time of this clade. The apparently conservative phenome of chitons is not reflected in a conservative genome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,005 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,093 | 0,037 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».