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Enregistrement W4404842910 · doi:10.3791/66965

AAV Systems and Mouse Models for Investigating Ectopic Expression of Neurod1 in Transduced Cells at Subacute and Chronic Times Post-Ischemic Stroke

2024· article· en· W4404842910 sur OpenAlexaff
Daria Ivanova, Ricky Siu, Mehraein Roointan, Saswat Sahoo, Tom Enbar, Jessica Livingston, Maryam Faiz, Cindi M. Morshead

Notice bibliographique

RevueJournal of Visualized Experiments · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueNeuroinflammation and Neurodegeneration Mechanisms
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésEctopic expressionIschemic strokeStroke (engine)Chronic strokeMedicineNeuroscienceBiologyCardiologyIschemiaPhysicsGeneticsCell cultureRehabilitation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Ectopic expression of neurogenic factors in vivo has emerged as a promising approach for replacing lost neurons in disease models. The use of neural basic helix-loop-helix (bHLH) transcription factors via non-propagating virus-like particle systems, including retrovirus, lentivirus, and adeno-associated virus (AAV), has been extensively reported. For in vivo experiments, AAVs are increasingly used due to their low pathogenicity and potential for translatability. This protocol describes two AAV systems for investigating the ectopic expression of transcription factors in transduced cells post-ischemic stroke. In both systems, Neurod1 expression is controlled by the short GFAP (gfaABC(1)D) promoter, which is upregulated in reactive astrocytes post-stroke as well as in endogenous neurons when combined with neurogenic factor expression. In the ischemic stroke model described, focal ischemia is induced by injecting endothelin-1 (ET-1) into the motor cortex of mice, creating a lesion surrounded by reactive GFAP-expressing astrocytes and surviving neurons. Intracerebral injections of AAV are performed to ectopically induce the expression of Neurod1 in the subacute (7 days) and chronic (21 days) phases post-stroke. Within weeks following AAV injection, a significantly higher number of neurons among transduced cells are identified in mice ectopically expressing Neurod1 compared to mice receiving AAV control viruses. The AAV-based strategies used replicated observed outcomes of increased numbers of neurons expressing the reporter gene in a model of mild-to-moderate cortical stroke. This protocol establishes a standard platform for exploring the effects of ectopic expression of transcription factors delivered with AAV-based systems, contributing to the understanding of neurogenic factor expression in the context of stroke.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,015

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,048
Tête enseignante GPT0,366
Écart entre enseignants0,318 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
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Résumé présentoui

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