Identification of novel nutrient sensitive human yolk sac functions required for embryogenesis
Notice bibliographique
Résumé
The human yolk sac (hYS) is essential for embryo nutrient biosynthesis/transport and development. However, there lacks a comprehensive study of hYS nutrient-gene interactions. Here we performed a secondary analysis of hYS transcript profiles (n = 9 samples) to identify nutrient-sensitive hYS genes and regulatory networks, including those that associate with adverse perinatal phenotypes with embryonic origins. Overall, 14.8% highly expressed hYS genes are nutrient-sensitive; the most common nutrient cofactors for hYS genes are metals and B vitamins. Functional analysis of highly expressed hYS genes reveals that nutrient-sensitive hYS genes are more likely to be involved in metabolic functions than hYS genes that are not nutrient-sensitive. Through nutrient-sensitive gene network analysis, we find that four nutrient-sensitive transcription regulators in the hYS (with zinc and/or magnesium cofactors) are predicted to collectively regulate 30.9% of highly expressed hYS genes. Lastly, we identify 117 nutrient-sensitive hYS genes that associate with an adverse perinatal outcome with embryonic origins. Among these, the greatest number of nutrient-sensitive hYS genes are linked to congenital heart defects (n = 54 genes), followed by microcephaly (n = 37). Collectively, our study characterises nutrient-sensitive hYS functions and improves understanding of the ways in which nutrient-gene interactions in the hYS may influence both typical and pathological development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».