Exome Sequencing of Chinese Patients With Anticitrullinated Protein Antibody–Positive Rheumatoid Arthritis in Singapore
Notice bibliographique
Résumé
Objective More than 130 susceptibility loci for rheumatoid arthritis (RA) have been identified with genome-wide association studies. To investigate the genetic predisposition of Chinese patients to anticitrullinated protein antibody (ACPA)-positive RA, we carried out an exome sequencing study. Methods Patients were recruited from 3 major public hospitals in Singapore: Tan Tock Seng Hospital (TTSH), Singapore General Hospital, and the National University Hospital. Controls came from an established exome collection and from the TTSH Health Control Biobank. All the participants were of Chinese descent. We performed whole-exome sequencing (WES) in 595 ACPA-positive patients with RA and 1281 controls and validated the candidate variants by genotyping 795 RA cases and 600 controls. Results The discovery cohort yielded 73 susceptibility single-nucleotide variants (SNVs) that reached statistical significance. In the validation study with an independent cohort, 2 SNVs remained significant:PCNXL4(P= 1.50 × 10–5) andDHRS7(P= 6.02 × 10–5). The majority of known susceptibility foci were not captured by exome sequencing. Conclusion In this WES study of ACPA-positive RA in Chinese patients, we discovered 2 new variants inPCNXL4andDHRS7associated with risk for RA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».