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Enregistrement W4404919850 · doi:10.1101/2024.11.28.625968

Birth weight discordance, gene expression, and DNA methylation: A review of epigenetic twin studies

2024· review· en· W4404919850 sur OpenAlexaff
Dany Laure Wadji, Zsófia Nemoda, Chantal Martin-Söelch, Chantal Wicky

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAssisted Reproductive Technology and Twin Pregnancy
Établissements canadiensDouglas Mental Health University InstituteMcGill University
Organismes subventionnairesSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen Forschung
Mots-clésEpigeneticsDNA methylationGeneticsBiologyTwin studyGeneGene expressionHeritability

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background Birth weight is considered as an important indicator of environmental conditions during prenatal development. Molecular mechanisms, including epigenetic modifications play an important role in the body’s adaptation to ever changing environmental conditions. As twin design can be used to identify the role of environmental contributions while controlling for genetic variations, numerous monozygotic twin studies have shown how adverse prenatal environment can lead to birth weight discordance (BWD). Objective An overview of the literature about epigenetic modifications associated with BWD in twins. Method We searched PubMed and Ovid MEDLINE(R) databases and included 34 papers that studied associations between BWD and DNA (hydroxy)methylation or gene expression in easily accessible samples of twin pregnancies or peripheral tissues of twins later in life. Results Researchers and clinicians still lack consensus on BWD thresholds, which vary between 15-30% depending on the type of placentation and gestational age. The gene expression twin studies measured mostly metabolism-related candidate genes in placental tissues. Only small-scale twin studies measured BWD associated gene expression patterns on genome-wide level using neonatal cells. Most DNA methylation twin studies used epigenome-level analyses, but the analysed tissue and age of sampling varied widely (blood from adults, saliva samples from children, placenta at delivery). Importantly, a handful of growth-related genes (e.g., IGF2 , LEPROT, ADRB3 , GLUT3 ) were associated with BWD. Conclusion Transcriptional changes of genes coding for placental glucose transporters and hypoxia-induced proteins possibly reflect compensatory processes in twin pregnancies. Epigenetic regulation of growth-related genes in the offspring offer a relevant mechanism to counterbalance adverse prenatal environment. Graphical abstract Graphical abstract/Figure 1. (Created in https://BioRender.com ) Although monozygotic twins have almost the same DNA sequence (see double stranded DNA helix in the middle), there are many molecular regulatory processes differentially affected by certain in utero environmental factors (such as unequal blood supply). Therefore, in a proportion of twin pregnancies, the intrauterine growth of the developing embryos is uneven, resulting in substantial birth weight difference. The underlying epigenetic alterations, such as DNA methylation changes can be long-lasting, measurable after birth and may serve as biomarkers reflecting risk for later health problems. An important technical feature is that the DNA molecule is quite stable and the methyl groups are attached covalently (shown as Me), hence methylation analyses are wide-spread in medical studies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,006
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,016
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,033

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0060,016
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,002
Bibliométrie0,0070,008
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,308
Écart entre enseignants0,274 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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