Human mitochondrial RNA polymerase structures reveal transcription start-site and slippage mechanism
Notice bibliographique
Résumé
SUMMARY Human mitochondrial RNA polymerase (POLRMT) and protein factors TFAM and TFB2M assemble on mitochondrial DNA promoters to initiate promoter-specific transcription. We present cryo-EM structures of two initiation complexes, IC3 and slipped-IC3, with fully resolved transcription bubbles containing RNA transcripts starting from +1 and −1 positions, respectively. These structures reveal the mechanisms of promoter melting, start site selection, and slippage synthesis. Promoter melting begins at −4 with base-specific interactions of −4 and −3 template guanines with POLRMT and −1 non-template adenine with TFB2M, stabilizing the bubble and facilitating initiation from +1. Slippage occurs when a synthesized 2-mer RNA shifts to −1; the −1 position is not an alternative start-site. The conserved non-template sequence (-1)AAA(+2) is recognized by a non-template stabilizing loop (K 153 LDPRSGGVIKPP 165 ) and Y209 from TFB2M and W1026 of POLRMT. The initiation complex on cryo-EM grids exist in equilibrium with apo and dimeric POLRMTs, whose relative concentrations may regulate transcription initiation. HIGHLIGHTS Cryo-EM structures of active human mitochondrial transcription initiation complexes De novo RNA synthesis begins at +1, linking +1 and +2 NTPs Synthesized 2-mer RNA anneals at −1, initiating RNA slippage synthesis POLRMT fingers’ motion alters TFB2M interactions with non-template strand
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».