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Enregistrement W4405000417 · doi:10.26434/chemrxiv-2024-lng9q

Exploring the Ligandability of 53BP1 Through Fragment-Based Approaches

2024· preprint· en· W4405000417 sur OpenAlex
Beatrice Chiew, Menachem J. Gunzburg, Caroline A. Foley, Hong Zeng, A. Dong, Peter J. Brown, Juliana The, Jacqueline L. Noris, Stephanie H. Cholensky, Biswaranjan Mohanty, M.J. Scanlon, Stephen J. Headey, B.C. Doak, Lindsey I. James

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueChemRxiv · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer Mechanisms and Therapy
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesStructural Genomics ConsortiumNational Institutes of HealthEshelman Institute for Innovation, University of North Carolina at Chapel HillOntario Genomics Institute
Mots-clésHistoneDNAComputational biologyBiologyGeneticsChemistryCancer researchMolecular biologyCell biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

53BP1 is a DNA damage response protein recruited to sites of double strand breaks through recognition of dimethylated lysine on histone 4 by its tandem Tudor domains. Like 53BP1, BRCA-1 plays a role in the regulation of DNA repair pathways, and BRCA-1 mutations have been strongly linked to breast and ovarian cancer. Interestingly, mice null for 53BP1 and BRCA-1 genes display minimal tumor formation, suggesting that the effects of deleterious BRCA-1 mutations could be prevented with potent 53BP1 small molecule antagonists. Herein, we describe a fragment screen that was used to identify compounds that bind to the 53BP1 Tudor domain and a chemoinformatic workflow to select near-neighbour analogues and establish Structure Activity Relationships for these binders. The marked affinity improvements of the analogues over their parent fragments highlights the developability of these series and the utility of this approach in discovering novel hit compounds for 53BP1 and other methyl-lysine reader proteins.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,656
Score d'incertitude au seuil0,687

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,221
Tête enseignante GPT0,308
Écart entre enseignants0,087 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle