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Enregistrement W4405005609 · doi:10.1021/acs.jproteome.4c00713

Research Progress in Isotope Labeling/Tags-Based Protein Quantification and Metrology Technologies

2024· review· en· W4405005609 sur OpenAlexaff
Fan Wu, Chenhuan Zhang, Zhanying Chu, Bin Han, Rui Zhai

Notice bibliographique

RevueJournal of Proteome Research · 2024
Typereview
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueAdvanced Proteomics Techniques and Applications
Établissements canadiensIONICS Mass Spectrometry (Canada)
Organismes subventionnairesNational Key Research and Development Program of ChinaNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésQuantitative proteomicsAnalyteComputer scienceMetrologyMass spectrometrySample preparationBiochemical engineeringData scienceData miningNanotechnologyProteomicsProcess engineeringChemistryChromatographyMaterials scienceEngineeringPhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Advanced liquid chromatogram-mass spectrometry (LC-MS) and automated large-scale data processing have made MS-based quantitative analysis increasingly useful for research in fields such as biology, medicine, food safety, and beyond. This is because MS-based quantitative analysis can accurately and sensitively analyze thousands of proteins and peptides in a single experiment. However, the precision, coverage, complexity, and resilience of conventional quantification methods vary as a result of the modifications to the analytic environment and the physicochemical characteristics of analytes. Therefore, specially designed approaches are necessary for sample preparation. Dozens of methods have been developed and adapted for these needs based on stable isotopic labeling or isobaric tagging, each with distinct characteristics. In this review, we will summarize the leading strategies and techniques used thus far for MS-based protein quantification as well as analyze the advantages and shortcomings of different approaches. Additionally, we provide an overview of protein metrology development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,010
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Autre devis · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,940
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0100,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0040,003
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0010,009
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,209
Tête enseignante GPT0,525
Écart entre enseignants0,316 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeAutre devis
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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