The hypersaline northwestern Arabian Gulf contains a phylogenetically diverse and highly uneven community of viruses related to cyanophages and pelagiphages
Notice bibliographique
Résumé
Cyanobacteria are the dominant primary producers in many marine waters, and are intimately connected with the cyanophages that infect them. The most commonly isolated marine cyanophages form a monophyletic group based on several marker genes including g20, a gene that codes the capsid assembly protein. Based on morphology, these viruses are typically referred to as cyanomyoviruses. Here, we used g20 sequences to interrogate the diversity of cyanomyoviruses at 5 locations in the waters of the northwestern Arabian Gulf. The diversity and richness of g20 sequences varied among locations and were highest at the southernmost sites. Most sequences belonged to a small number of operational taxonomic units (OTUs), with the rest belonging to low abundance rare OTUs. Phylogenetic analysis revealed that the most abundant genotypes fell within the ubiquitous cyanomyovirus Cluster II, while others clustered with metagenome assembled pelagimyophage sequences and other environmental sequences across a broad diversity of clades. This study revealed a diverse community of cyanomyoviruses in the northwestern Arabian Gulf that is dominated by a few relatively abundant but phylogenetically diverse taxa.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».