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Enregistrement W4405044582 · doi:10.1101/2024.12.03.24318422

Diagnostic and prognostic value of alpha-synuclein seed amplification assay in Parkinson’s disease: a longitudinal cohort study

2024· preprint· en· W4405044582 sur OpenAlexaff
Christina D. Orrú, David Vaughan, Nirosen Vijiaratnam, Raquel Real, Alejandro Martínez-Carrasco, Riona Fumi, Marte Theilmann Jensen, Megan Hodgson, Christine Girges, Ana Luisa Gil-Martínez, Eleanor J. Stafford, Lesley Wu, Bradley R. Groveman, Andrew G. Hughson, Olaf Ansorge, Annelies Quaegebeur, Kieren Allinson, Thomas T. Warner, Zane Jaunmuktane, Anjum Misbahuddin, P. Nigel Leigh, Boyd Ghosh, Kailash P. Bhatia, Alistair Church, Christopher Kobylecki, James B. Rowe, Thomas Foltynie, Huw R. Morris, Byron Caughey, Edwin Jabbari

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueParkinson's Disease Mechanisms and Treatments
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésParkinson's diseaseAlpha-synucleinValue (mathematics)DiseaseOncologyBiologyMedicineInternal medicineMolecular biologyStatisticsMathematics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary Background Alpha-synuclein seed amplification assay (a-syn SAA) has been proposed to be a diagnostic biomarker for Parkinson’s disease (PD). Here, we have explored the diagnostic and prognostic value of cerebrospinal fluid (CSF) a-syn SAA status and seeding kinetics in PD. Methods Baseline CSF a-syn SAA data and longitudinal clinical data were collected and analysed between 1 st January 2010 and 1 st April 2022 for the Parkinson’s Progression Markers Initiative (PPMI) and UK parkinsonism cohorts respectively. We calculated the sensitivity and specificity of a-syn SAA in PD and controls, used linear regression to analyse a-syn SAA positive vs. negative group comparisons, and used time-to-event analyses to assess the ability of a-syn SAA seeding kinetic measures to predict clinical decline in PD. Findings We studied 1,402 participants: publicly available data from the PPMI cohort, n=1275 (PD, n=1,036; controls, n=239); newly generated data from the UK parkinsonism cohort, n=127 (PD, n=66; progressive supranuclear palsy (PSP), n=52; controls n=9). Over 2-5 years of follow-up, the sensitivity of a-syn SAA in PD was 87.7% and the specificity in controls was 91.9%. A-syn SAA was positive in 8/52 (15.4%) PSP samples with distinct ‘low and slow’ kinetics. A-syn SAA negative LRRK2-PD participants (n=57) had an older mean (SD) age at symptom onset (63.0 (7.6) vs. 55.4 (9.9) years) and higher mean (SD) baseline serum neurofilament light chain levels (20.4 (13.2) vs. 13.8 (8.6) pg/ml), p<0.05, vs. a-syn SAA positive LRRK2-PD participants (n=110). The baseline seeding kinetic measure, time to threshold, predicted cognitive decline in PD, defined as MoCA ≤21 (HR 2.51, 95% CI 1.50-4.20, p=0.001). Interpretation In PD, a-syn SAA may have value as a diagnostic and prognostic biomarker in clinical practice and as a stratification tool in clinical trials. Furthermore, we have highlighted the presence of pathological heterogeneity in LRRK2-PD. Funding Medical Research Council, PSP Association.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,005
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,016

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,005
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,291
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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