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Enregistrement W4405045595 · doi:10.1016/j.gecco.2024.e03339

Unveiling biodiversity: The current status of marine species barcoding in Red Sea Metazoans

2024· article· en· W4405045595 sur OpenAlexaff
Carlos Angulo‐Preckler, Christopher A. Hempel, Sofia Frappi, Kah Kheng Lim, Tullia I. Terraneo, Dirk Steinke, Lotfi Rabaoui, Francesca Benzoni, Carlos M. Duarte

Notice bibliographique

RevueGlobal Ecology and Conservation · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueIdentification and Quantification in Food
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesKing Abdullah University of Science and Technology
Mots-clésBiodiversityDNA barcodingMarine biodiversityGeographyMarine speciesBiologyEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Preserving biodiversity is a global challenge. Censuses of marine biodiversity are indispensable for monitoring the responses of marine life to environmental changes induced by human activities. Ongoing extinction events affect both species and populations amid unprecedented environmental changes induced by climate shifts and habitat degradation. These changes result in substantial declines in biodiversity. In addition, our understanding of oceanic life remains incomplete, especially regarding elusive, rare, delicate, or understudied organisms. One example for this is the biodiversity of the Red Sea which remains largely unexplored and poorly understood. In an attempt to evaluate the current status of known versus COI-barcoded marine animal species in the Red Sea we used online taxonomic and genetic databases to provide a comprehensive analysis of the region's described marine life, focusing on the occurrence data of marine animal species to identify disparities in COI barcoding coverage at the phylum level. Our analysis reveals that barcoding coverage varies significantly among phyla, with Nematoda, Platyhelminthes, Bryozoa, and Porifera being highly underrepresented compared to Chordata. While over 6000 metazoan species from 22 phyla are known to inhabit the Red Sea, only 49.77 % appear to be barcoded. COI barcoding helps preserve biodiversity by providing a reliable and standardized method for accurately identifying and monitoring species, including those that are cryptic or newly discovered, thereby informing and enhancing conservation efforts and guiding future research efforts toward understudied regions and organisms.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,007
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,018
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,013
Score d'incertitude au seuil0,035

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0070,018
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0070,012
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0030,005
Science ouverte0,0020,003
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,274
Écart entre enseignants0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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