Kingella kingae’s Sequence-type Complex-23/25 Exhibits Cardiac and Central Nervous System Tropism
Notice bibliographique
Résumé
To the Editors: I read with great interest the recent report of Kingella kingae meningitis in an otherwise healthy 26-month-old Greek child published in the Journal.1 The case is noticeable in that no evidence of preceding or concomitant endocarditis was found, and the K. kingae isolate belonged to the multilocus sequence typing–sequence type (ST) 25. K. kingae exhibits a remarkable genomic variety; up to date, 76 distinct STs have been described in the species.2 To study K. kingae’s population structure and determine the genomic relatedness of isolates, STs that differ at no more than 1 locus from other STs are grouped into sequence-type complexes (STCs). The ST with the highest number of neighboring single locus variants within each STC is considered the STC founder. The founder STs of STC-23 and STC-25 are closely related, differing only at 2 loci. Therefore, these 2 STCs have recently merged into a single STC named STC-23/25.2 K. kingae isolates widely differ in virulence. While some STs and STC strains are carried on the oropharynx without causing disease, others are over-represented among patients with invasive infections. Members of the STC-23/25 have been detected in 82 of 324 (25.3%) invasive strains isolated in the USA, Canada, Iceland, Norway, France, Spain and Israel between 1966 and 2014.3 In addition to sporadic infections, ST-23/25 organisms have caused outbreaks of disease among day-care center attendees, endocarditis in 2 French patients,2,4 and have been identified in 8 of 18 (44.4%) endocarditis-associated isolates in a recent study.2 The report by Syrogiannopoulos et al confirms that STC-23/25 is highly virulent, has circulated during a prolonged period, disseminated worldwide, reaching the Balkans and shows a dangerous tropism towards the central nervous system and cardiac tissues.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,006 | 0,009 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».