Fungal microbiome in gut of systemic lupus erythematosus (SLE)-prone mice (pristane and FCGRIIb deficiency), a possible impact of fungi in lupus
Notice bibliographique
Résumé
The gut mycobiota (fungal microbiota) plays a crucial role in the immune system, potentially impacting autoimmune diseases such as systemic lupus erythematosus (SLE). Despite growing interest, data on intestinal fungi in SLE remain limited. This study thereby investigated the human-mimicked (mice) gut mycobiome and quantitative gut mycobiome analyses using universal fungal internal transcribed spacer 2 (ITS2) DNA next generation sequencing and real-time PCR, tracking time-series dynamics from preclinical to established SLE conditions in two SLE-prone mouse models. These models included pristane -induced mice, representing an environmental cause of SLE, and Fc gamma receptor RIIb (FcgRIIb) deficiency mice, representing a genetic factor. Fecal samples and different intestinal sections from mice aged 2-10 months were analyzed, including samples from 4-month-old and 11-month-old mice, which represented preclinical lupus (negative for anti-dsDNA) and established SLE conditions (positive for anti-dsDNA with proteinuria), respectively, alongside age-matched healthy controls. Results showed increased fungal diversity, specific changes in gut fungal species (i.e. increased Candida spp.), and an elevated Basidiomycota-to-Ascomycota (Basidiomycota/Ascomycota) ratio, which correlated with lupus activity in both lupus models. Linear discriminant analysis Effect Size (LEfSe; a possible representative organism) helped identify specific fungal difference between the lupus models. Our findings revealed that active lupus states may elevate gut fungal populations and alter fungal components in both the pristane and genetically susceptible SLE-prone mice, as indicated by mycobiota and quantitative mycobiota analyses. These changes could, in turn, influence disease activity. This research is essential for a deeper understand of the SLE-gut microbiome association, as the gut microbiome comprises both bacterial and fungal symbiosis. Manipulating fungal communities could present a potential therapeutic avenue for influencing disease outcomes in lupus. Further studies are crucial to clarify the direct role of gut fungi in lupus disease progression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».