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Enregistrement W4405097919 · doi:10.1080/1354750x.2024.2438734

The role of urine metabolomics in the diagnosis and management of adult and pediatric Crohn’s disease and ulcerative colitis

2024· review· en· W4405097919 sur OpenAlexaff
Kanish Baskaran, Michal Moshkovich, Lara Hart, Nyah Shah, Fariha Chowdhury, Meera Shanmuganathan, Philip Britz‐McKibbin, Nikhil Pai

Notice bibliographique

RevueBiomarkers · 2024
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensImpactMcMaster Children's HospitalMcMaster UniversityUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésUlcerative colitisInflammatory bowel diseaseMedicineMetabolomicsUrineDiseaseCrohn's diseaseCrohn diseaseGastroenterologyColitisInternal medicineImmunologyBioinformaticsBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

INTRODUCTION: Urine metabolomics offers a non-invasive approach to diagnose and manage inflammatory bowel disease (IBD), including Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis (UC), by identifying distinct metabolic signatures. OBJECTIVES: This narrative review summarizes current findings on urinary metabolites in IBD, evaluating their roles in disease differentiation, assessment of activity, and monitoring therapeutic response. METHODS: A comprehensive literature search of PubMed and MEDLINE up to October 2023 was conducted using keywords, such as 'urine metabolomics', 'inflammatory bowel disease', 'Crohn's disease', 'ulcerative colitis', and 'urinary biomarkers'. Studies were included that described alterations to metabolic pathways, including those related to the urea cycle, central energy metabolism (Krebs cycle), amino acid metabolism, and neurotransmitters. RESULTS: Specific urinary metabolites differentiate IBD patients from healthy controls and between CD and UC. Decreased urinary levels of hippurate, acetate, methanol, formate, and methylamine are observed in IBD, indicating altered gut microbiota. In CD patients, urea cycle alterations include reduced urinary urea and ornithine with increased arginine. Changes in Krebs cycle intermediates show decreased citrate and succinate in adults, but increased fumarate and isocitrate in pediatric patients, reflecting energy metabolism differences. Amino acid metabolism differs by age: Adults exhibit decreased urinary asparagine, lysine, and histidine, while pediatric patients show increased methionine, proline, aspartic acid, and isoleucine. Elevated urinary neurotransmitters like dopamine are noted in pediatric IBD patients. Urine metabolomics also can monitor treatment efficacy by distinguishing responders from non-responders to therapies and differentiating active disease from remission. CONCLUSION: Urine metabolomics provides promising, non-invasive biomarkers to enhance IBD diagnostics by distinguishing CD from UC and offering insights into underlying metabolic disturbances, paving the way for more precise, accessible patient care.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,007
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Revue systématique · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,016

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,007
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0030,003
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,278
Écart entre enseignants0,266 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeRevue systématique
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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