The Arrival of Highly Pathogenic Avian Influenza Viruses in North America, Ensuing Epizootics in Poultry and Dairy Farms and Difficulties in Scientific Naming
Notice bibliographique
Résumé
The highly pathogenic avian influenza virus (HPAIV) H5N1, first isolated in 1996 in China, spread rapidly across Eurasia and caused major epizootics in wild and domesticated birds, as well as spillover infections in humans characterised by high mortality. Avian influenza viruses are therefore candidate viruses for a human pandemic. Surprisingly, HPAIV was not isolated in North America until 2014. With the help of intensive biological sampling and viral genome sequencing, the intrusion of HPAIV into North America could be retraced to two separate events. First, migratory birds carried HPAIV from East Siberia via Beringia and dispersed the virus along the Pacific flyway. After reassortment with genes of local low pathogenic avian influenza viruses, HPAIV H5 caused 2015 a major epizootic on poultry farms in the US Mid-West. After costly containment, HPAIV dropped below the detection limit. In 2021, Eurasian HPAIV H5 viruses arrived a second time in North America, carried by migratory birds to Canada via the Atlantic flyway, using Iceland as a stop. The H5 virus then spread with water birds along the East Coast of the United States and dispersed across the United States. In contrast to the 2015 poultry outbreak, spillover infections into diverse species of mammals were now observed. The events culminated in the 2024 HPAIV H5 epizootic in dairy cows affecting 300 dairy herds in 14 US states. The cattle epizootic was spread mainly by milking machinery and animal transport. On affected farms infected cats developed fatal neurological diseases. Retail milk across the United States frequently contains viral RNA, but so far only a few milk farm workers have developed mild symptoms. The tracing of HPAIV with viral genome sequencing complicated the taxonomical naming of influenza viruses raising fundamental problems in how to mirror biological complexity in written plain language, rendering communication with the lay public difficult.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».