High quality <i>Bathyarchaeia</i> MAGs from lignocellulose-impacted environments elucidate metabolism and evolutionary mechanisms
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The archaeal class Bathyarchaeia is widely and abundantly distributed in anoxic habitats. Metagenomic studies have suggested that they are mixotrophic, capable of CO2 fixation and heterotrophic growth, and involved in acetogenesis and lignin degradation. We analyzed 35 Bathyarchaeia metagenome-assembled genomes (MAGs), including the first complete circularized MAG (cMAG) of the Bathy-6 subgroup, from the metagenomes of three full-scale pulp and paper mill anaerobic digesters and three laboratory methanogenic enrichment cultures maintained on pre-treated poplar. Thirty-three MAGs belong to the Bathy-6, lineage while two are from the Bathy-8 lineage. In our previous analysis of the microbial community in the pulp mill digesters, Bathyarchaeia were abundant and positively correlated to hydrogenotrophic and methylotrophic methanogenesis. Several factors likely contribute to the success of the Bathy-6 lineage compared to Bathy-8 in the reactors. The Bathy-6 genomes are larger than those of Bathy-8 and have more genes involved in lignocellulose degradation, including carbohydrate-active enzymes not present in the Bathy-8. Bathy-6 also shares the Bathyarchaeal O-demethylase system recently identified in Bathy-8. All the Bathy-6 MAGs had numerous membrane-associated pyrroloquinoline quinone-domain proteins that we suggest are involved in lignin modification or degradation, together with Radical-S-adenosylmethionine (SAM) and Rieske domain proteins, and AA2, AA3, and AA6-family oxidoreductases. We also identified a complete B12 synthesis pathway and a complete nitrogenase gene locus. Finally, comparative genomic analyses revealed that Bathyarchaeia genomes are dynamic and have interacted with other organisms in their environments through gene transfer to expand their gene repertoire.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».