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Enregistrement W4405268499 · doi:10.1038/s41586-024-08280-5

π-HuB: the proteomic navigator of the human body

2024· review· en· W4405268499 sur OpenAlexaff
Fuchu He, Ruedi Aebersold, Mark S. Baker, Xiu‐Wu Bian, Xiaochen Bo, Daniel W. Chan, Cheng Chang, Luonan Chen, Xiangmei Chen, Yu‐Ju Chen, Heping Cheng, Ben C. Collins, Fernando J. Corrales, Jüergen Cox, E Weinan, Jennifer E. Van Eyk, Jia Fan, Pouya Faridi, Daniel Figeys, George F. Gao, Wen Gao, Zu‐Hua Gao, Keisuke Goda, Wilson Wen Bin Goh, Dongfeng Gu, Changjiang Guo, Tiannan Guo, Yuezhong He, Albert J. R. Heck, Henning Hermjakob, Tony Hunter, N. Gopalakrishna Iyer, Ying Jiang, Connie R. Jiménez, Lokesh Joshi, Neil L. Kelleher, Ming Li, Yang Li, Qingsong Lin, Cui Hua Liu, Fan Liu, Guang‐Hui Liu, Yansheng Liu, Zhihua Liu, Teck Yew Low, Ben Lü, Matthias Mann, Anming Meng, Robert L. Moritz, Edouard C. Nice, Guang Ning, Gilbert S. Omenn, Christopher M. Overall, Giuseppe Palmisano, Yaojin Peng, Charles Pineau, Terence Chuen Wai Poon, Anthony W. Purcell, Jie Qiao, Roger R. Reddel, Phillip J. Robinson, Paola Roncada, Chris Sander, Jiahao Sha, Erwei Song, Sanjeeva Srivastava, Aihua Sun, Siu Kwan Sze, Chao Tang, Liujun Tang, Ruijun Tian, Juan Antonio Vizcaíno, Chanjuan Wang, Chen Wang, Xiaowen Wang, Xinxing Wang, Yan Wang, Tobias Weiß, Mathias Wilhelm, Robert Winkler, Bernd Wollscheid, Limsoon Wong, Linhai Xie, Wei Xie, Tao Xu, Tianhao Xu, Liying Yan, Jing Yang, Xiao Yang, John R. Yates, Tao Yun, Qiwei Zhai, Bing Zhang, Hui Zhang, Lingqiang Zhang, Pingwen Zhang, Yukui Zhang, Yu Zi Zheng, Qing Zhong, Yunping Zhu, Chris Soon Heng Tan, Mingxia Gao, Qiang Gao, Yushun Gao, Xuejiang Guo, Jie He, Jun He, Qing‐Yu He, Jinlin Hou, Canhua Huang, Chenxi Jia, Bernhard Küster, Zesong Li, Dong Li, Yan Li, Yanchang Li, Siqi Liu, Xiaonan Liu, Ya Liu, Zhongyang Liu, Haojie Lu, Yongzhan Nie, Mariko Okada, Guojun Qian, Hongqiang Qin, Yu Rao, Zihe Rao, Xianwen Ren, Yan Ren, Feng Shen, Lin Shen, Shicheng Su, Minjia Tan, Ben Zhong Tang, Sheng‐ce Tao, Jian Wang, Tong Wang, Liming Wei, Catherine C. L. Wong, X. Sunney Xie, Xu Li, Ping Xu, Huanming Yang, Jianjun Yang, Mingliang Ye, Wantao Ying, Xiaobo Yu, Ya-xiang Yuan, Qingcun Zeng, Qimin Zhan, Xiao-Fei Zhang, Xu Zhang, Ying Zhang, Nanshan Zhong, Feng Zhou, Yi Zhu, Zemin Zhang

Notice bibliographique

RevueNature · 2024
Typereview
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueAdvanced Proteomics Techniques and Applications
Établissements canadiensBrock UniversityUniversity of WaterlooUniversity of British ColumbiaUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesNational Institute of Environmental Health SciencesNational Institutes of HealthMinistry of Science and Technology of the People's Republic of ChinaNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésContext (archaeology)Data scienceHuman proteome projectComputer scienceHuman bodyGovernment (linguistics)Systems biologyHuman healthMultidisciplinary approachComputational biologyProteomicsBiologyArtificial intelligencePolitical scienceMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,026

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0020,002
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0080,009

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,366
Écart entre enseignants0,351 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations44
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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