Evolution of <i>Salmonella</i> Chromosomes and Its Influence on Gene Expression and Chromosomal Conformation
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Salmonella is one of the most important bacterial pathogens in the world, causing an estimated 120 million infections each year. There is considerable diversity, with ∼2,600 serovars, but it remains unclear how the genomes have evolved as the species and subspecies of Salmonella differentiate. Here, we have reconstructed the ancient orthologous chromosomes of each major Salmonella lineage and traced their evolutionary process. In total, 911 rearrangement events were identified, with 64% of events occurring in a locus-specific way. Using RNA sequencing and multi-strain association analysis, we demonstrate that genetic rearrangements have a significant effect on gene expression across Salmonella lineages. Moreover, we perform chromosome conformation capture (3C) sequencing analysis, which demonstrates large variations for the organization of ter chromosomal interaction domains among Salmonella lineages. In conclusion, our work delineates the evolutionary trajectory of Salmonella chromosomes, and demonstrates the influence of rearrangements on gene expression profiles and chromosomal conformation. Importance This study reconstructed the ancient orthologous chromosomes of the Salmonella genus, species and well-recognized subspecies, by which the trajectory of gene flow caused by genetic rearrangements was delineated chronologically. The rearrangements show apparent ‘hotspot’ distribution property and are enriched with genes important for bacterial fitness. Correlation analysis further disclosed the general influence of the rearrangements on gene expression and the organization and conformation of chromosome interaction domains. The results provide new insights on the evolution of Salmonella chromosomes, especially the genetic rearrangements and their epigenetic consequences.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».