Uncovering the complexity of structural variants in four individuals with autism spectrum disorder
Notice bibliographique
Résumé
Autism spectrum disorder (ASD) is an increasingly recognized childhood developmental disorder. Despite extensive study, causal variants and molecular diagnosis remain elusive. There is both heterogeneity of the phenotype, as well as the genetic landscape associated with phenotype, which includes both inherited and de novo mutations. Currently, diagnosis is complex and behaviourally based, oftentimes occurring years after the ideal 1-2 years of age. Structural variants (SVs) are large and sometimes complex genomic variants that are likely underrepresented contributors to ASD due to the limitations of short-read DNA sequencing, such as alignment in repetitive regions and regions with GC bias. Here, we performed long-read sequencing (LRS) on four individuals with autism spectrum disorder to delineate SV complexity and determine precise breakpoints for SVs, which was not possible with short-read whole-genome sequencing (SRS). We use LRS to interrogate the methylation pattern associated with the SVs and phase the SV haplotypes to further clarify their contribution to disorder. LRS allows insight into the genome and methylome that allow us to uncover variant complexity and contribution that was previously unseen with SRS. Ultimately, this furthers precision diagnosis and contributes to individualized treatment for affected individuals and their families within the clinic.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».