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Enregistrement W4405337142 · doi:10.1038/s41431-024-01760-2

Further delineation of the SCAF4-associated neurodevelopmental disorder

2024· article· en· W4405337142 sur OpenAlexaff
Cosima M. Schmid, Anne Gregor, Anna Ruiz, Carmen Manso Bazús, Isabella Herman, Farah Ammouri, Urania Kotzaeridou, Vanda McNiven, Lucie Dupuis, Katharina Steindl, Anaïs Begemann, Anita Rauch, Aude‐Annick Suter, Bertrand Isidor, Sandra Mercier, Mathilde Nizon, Benjamin Cogné, Wallid Deb, Thomas Besnard, Tobias B. Haack, Ruth Falb, Amelie J. Müller, Tobias Linden, Chad Haldeman‐Englert, Charlotte W. Ockeloen, Francesca Mattioli, Alexandre Reymond, Nazia Ibrahim, Shagufta Naz, Elodie Lacaze, Jennifer A. Bassetti, Julia Hoefele, Theresa Brunet, Korbinian M. Riedhammer, Houda Zghal Elloumi, Richard Person, Fanggeng Zou, Juliette J. Kahle, Kirsten Cremer, Axel Schmidt, Marie‐Ange Delrue, Pedro Almeida, Fabiana Ramos, Siddharth Srivastava, Aisling Quinlan, Stephen P. Robertson, Eva Manka, Alma Kuechler, Stephanie Spranger, Małgorzata J.M. Nowaczyk, Reem M. Elshafie, Hind Alsharhan, Paul Hillman, Leslie Dunnington, Hilde M. H. Braakman, Shane McKee, Angélica Moresco, Andrea-Diana Ignat, Ruth Newbury-Ecob, Guillaume Banneau, Olivier Patat, Jeffrey Kuerbitz, Susan Rzucidlo, Susan L. Sell, Patricia Gordon, Sarah Schuhmann, André Reis, Yosra Halleb, Radka Stoeva, Boris Keren, Zainab Al Masseri, Zeynep Tümer, Sophia Hammer‐Hansen, Sofus Sølyst, Connolly Steigerwald, Nicolas J. Abreu, H. Faust, Amica Corda Müller-Nedebock, Frédéric Tran Mau‐Them, Heinrich Sticht, Christiane Zweier

Notice bibliographique

RevueEuropean Journal of Human Genetics · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Rare Diseases
Établissements canadiensWestern UniversityUniversity of TorontoSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenUniversité de MontréalLondon Health Sciences CentreMcMaster UniversityMcMaster Children's Hospital
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentDeutsche ForschungsgemeinschaftEuropean CommissionUniversity of BernSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Science Foundation
Mots-clésMissense mutationIntellectual disabilityPhenotypeGeneticsNeurodevelopmental disorderExome sequencingBiologyIn silicoBioinformaticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

While mostly de novo truncating variants in SCAF4 were recently identified in 18 individuals with variable neurodevelopmental phenotypes, knowledge on the molecular and clinical spectrum is still limited. We assembled data on 50 novel individuals with SCAF4 variants ascertained via GeneMatcher and personal communication. With detailed evaluation of clinical data, in silico predictions and structural modeling, we further characterized the molecular and clinical spectrum of the autosomal dominant SCAF4-associated neurodevelopmental disorder. The molecular spectrum comprises 25 truncating, eight splice-site and five missense variants. While all other truncating variants were classified as pathogenic/likely pathogenic, significance of one C-terminal truncating variant, one splice-site variant and the missense variants remained unclear. Three missense variants in the CTD-interacting domain of SCAF4 were predicted to destabilize the domain. Twenty-three variants occurred de novo, and variants were inherited in 13 cases. Frequent clinical findings were mild developmental delay with speech impairment, seizures, and skeletal abnormalities such as clubfoot, scoliosis or hip dysplasia. Cognitive abilities ranged from normal IQ to severe intellectual disability (ID), with borderline to mild ID in the majority of individuals. Our study confirms the role of SCAF4 variants in neurodevelopmental disorders and further delineates the associated clinical phenotype.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,842
Score d'incertitude au seuil0,235

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,230
Écart entre enseignants0,221 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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