Multi-reflecting TOF MS for analyzing proteins
Notice bibliographique
Résumé
This paper presents detailed results of previously reported protein studies conducted using a prototype multi-reflecting time-of-flight mass spectrometer with orthogonal acceleration (o-MRT). The o-MRT instrument features a relatively short 5-m effective flight path to minimize gas scattering of protein ions. Despite this, the instrument achieves an impressive mass resolving power exceeding 200,000, fully resolving isotopic envelopes for proteins up to 80 kDa. For multiply charged ions of mid-sized proteins (up to 30 kDa), the instrument's resolution surpasses 250,000, enabling efficient charge and isotope deconvolution. This process consolidates multiple peaks from a specific proteoform into a single molecular weight peak, significantly simplifying protein spectra and facilitating accurate mass measurements. Mass analysis of horse myoglobin demonstrates exceptional mass precision, achieving 100 ppb accuracy for the monoisotopic mass. The o-MRT instrument exhibits a sensitivity of 10 4 ions/fmol, allowing for the detection of horse myoglobin from 100 pM to 10 μM concentration range. It accurately identifies known proteoforms in exemplar mixtures of seven proteins without chromatography, demonstrating a dynamic range of 1000. The o-MRT instrument showcases versatility in MS/MS analysis, achieving over 80 % sequence coverage for proteoforms. In MS/MS analyses of horse myoglobin and human hemoglobin chain A, mass accuracy of 0.5 ppm is maintained over a dynamic range of 1000. With future coupling to liquid chromatography, the compact o-MRT instrument is expected to be a valuable tool for identifying proteins within moderately complex mixtures. • A compact o-MRT instrument provides 10 5 dynamic range and resolution of R=250,000. • Isotopic envelopes are resolved for proteins with mass up to 80 kDa. • Monoisotopic mass of mid size proteins is measured with 100 ppb accuracy. • Deconvolving isotopic patterns and charge states forms single MW peak per protein. • MS/MS spectra provide over 80% sequence coverage.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».